Фамилия Шараэнко — редкий случай, когда написание почти полностью выдаёт географию и историю. Суффикс -енко, типичный для украинских фамилий, здесь соединён с основой, которая явно прошла через белорусскую или западнорусскую фонетику. В украинском языке фамилия звучала бы как Шараенко (с ударением на -е́н- или на а́), но двойное «а» и мягкое «э» в корне — следствие аканья и яканья, свойственных южнорусским и белорусским говорам. То есть носитель фамилии, скорее всего, происходит с территории современной Гомельской, Брянской или Сумской области, где смешивались языковые черты.

Корень «Шар-» в восточнославянских прозвищах многозначен, но в данном случае наиболее вероятная версия — от слова «шара» в значении «шар, круглый предмет» или от глагола «шарить» (искать, рыться). Прозвище Шара могли дать человеку круглолицему, полному, либо, наоборот, тому, кто любил «шарить» по чужим вещам — вороватому или просто любопытному. Менее вероятна связь с тюркским «шара» (жёлтый, рыжий) — для украинско-белорусского ареала это скорее исключение.

Модель образования простая: прозвище Шара (или уменьшительное Шарко) + патронимический суффикс -енко, означающий «сын Шары» или «потомок Шары». В писцовых книгах XVII века на Черниговщине встречаются казаки с прозвищем Шара, но без фамильного закрепления. Фамилия Шараэнко не упоминается в классических словарях (Унбегаун, Никонов), что подтверждает её локальный характер и, возможно, недавнюю фиксацию в письменных источниках — скорее всего, XIX век.

Сословно: носители фамилии, вероятно, относились к казачеству или государственным крестьянам. Дворянской ветви с такой фамилией не зафиксировано, что типично для «прозвищных» фамилий на -енко без дополнительных приставок. Сегодня фамилия встречается единично, в основном в восточной Беларуси и западной России, что подтверждает её узкую региональную привязку.