Фамилия Шарафундинов — редкий случай, когда арабское имя, тюркская фонетика и русский суффикс встретились в одной словоформе. Её основа — мужское имя Шарафундин (варианты: Шарафуддин, Шарафетдин). Оно восходит к арабскому «шараф ад-дин» — «честь веры» или «слава религии». Имя было распространено у народов, исповедующих ислам: у татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии.

Русский суффикс -ов превратил имя в фамилию по стандартной модели, принятой в Российской империи для инородческого населения. Когда крещёные татары или башкиры получали фамилии, к их исходному имени добавляли этот суффикс, обозначая принадлежность к роду: «сын Шарафундина». Со временем ударение сместилось на предпоследний слог — Шарафунди́нов, хотя в тюркском произношении ударным был бы последний слог.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с прозвищем Шарафунда. В некоторых тюркских диалектах «шараф» могло означать «щедрый», «почётный», а суффикс -унда придавал уменьшительный или пренебрежительный оттенок. Но большинство ономастов сходится на том, что перед нами классическое патронимическое образование от мусульманского имени.

География фамилии узкая. Шарафундиновы встречаются в Татарстане, Башкортостане, в Оренбургской и Челябинской областях — там, где исторически жили татары и башкиры. В центральной России фамилия почти не известна. Носителями чаще всего были крестьяне или ремесленники, но из-за редкого распространения сословная привязка размыта. Судя по модели образования, фамилия сложилась не раньше конца XVIII — начала XIX века, когда массово давали фамилии нерусскому населению Поволжья и Урала.