Фамилия Шарилина — женская форма, а её мужской вариант Шарилин — довольно редкая русская фамилия, которая почти наверняка образована от прозвища или мирского имени. Основа здесь — «Шаря» или «Шара». Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный русский фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шари). Получаем основу «Шар-».

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «шара». В северных и сибирских говорах так называли бродягу, гуляку или попрошайку. В псковских диалектах «шарой» могли назвать человека, который нагло и бесцеремонно берёт чужое. Прозвище Шаря или Шара давали тому, кто жил побираясь, или человеку с нахрапистым, бесшабашным характером. Фамилия, таким образом, могла закрепиться за потомком такого человека.

Возможна и другая, менее распространённая версия: от уменьшительной формы канонического имени Серафим. В народе это имя часто сокращали до Шара, Шаря, Шарила. Если принять эту гипотезу, фамилия Шарилин означает «потомок Шари», а сам Шари — это просторечный вариант крестильного имени Серафим (от древнееврейского «срафим» — огненный ангел). Обе версии имеют право на жизнь, но первая (прозвищная) встречается в ономастике чаще, так как основа «шар-» в значении «бродяга» дала много однокоренных фамилий — Шаров, Шарыгин, Шарапов.

С точки зрения географии, фамилия Шарилин не массовая. Её можно встретить в центральных областях России, но чаще — в Поволжье и на Урале, где были сильны говоры с «шарой». Встречается и написание через «ы» — Шарылин, что может указывать на разное произношение в диалектах (якающее или ыкающее). Социально предки носителей фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или посадским людям, а не к дворянству: прозвища из бытовой сферы редко давали знати.