Фамилия Шаркубенов — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а тюркское слово. Разбор фамилии стоит начать с корня «шаркуб», который сразу выдаёт нетипичное для русских фамилий звучание. Скорее всего, он восходит к тюркскому «шаркуб» или близкому по звучанию слову, означающему «восточный», «восток» (от «шарк» — восток). В таком случае прозвище Шаркуб (или Шаркубен) могли дать человеку, пришедшему с восточных земель, либо тому, кто торговал восточными товарами.

Суффикс «-енов» здесь необычен. В русских фамилиях чаще встречается «-ов» или «-ев», а «-енов» — более редкая модель, характерная для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или от тюркских имён, которые адаптировались через форму родительного падежа. Фактически «Шаркубенов» — это «сын Шаркубена», где «Шаркубен» — исходное личное прозвище или имя, которое затем русифицировали. Подобные фамилии встречаются среди народов Поволжья, Приуралья и Сибири, где тюркские имена смешивались с русской патронимической системой.

Географически фамилия Шаркубенов редкая и привязана в основном к регионам с тюркским населением — например, к Башкортостану, Татарстану или Оренбургской области. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о локальном происхождении: предки носителя могли быть выходцами из одного села или рода, где прозвище закрепилось как фамильное. О сословной принадлежности судить сложно, но тюркские корни часто указывают на крестьянское или казачье происхождение, особенно в южноуральских и сибирских областях.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то аналоги встречаются редко: например, Шаркунов — от другого корня (связанного с «шаркать»), а Шаркубенов стоит особняком. Споров о происхождении нет: версия с тюркским «шарк» (восток) — основная и правдоподобная, альтернативные (например, от русского диалектного слова) не имеют подтверждения. Таким образом, фамилия Шаркубенов — это память о восточных корнях предка, который либо сам был родом с востока, либо получил прозвище за связь с теми землями.