Фамилия Шармухтунг — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. Если отбросить маловероятные версии о случайном созвучии с русскими словами, то наиболее правдоподобное объяснение лежит в области тюркских или, точнее, монгольских языков.

Разберём фамилию по частям. Основа «шар» в тюркских и монгольских языках часто означает «жёлтый» (например, «шары» — жёлтый в монгольском). Вторая часть «мухтунг» может восходить к монгольскому «муутан» или «муухай» — «плохой», «дурной», «нехороший». В сочетании «Шармухтунг» может означать прозвище «жёлтый плохой» или «жёлтый дурной». Однако в кочевых культурах такие прозвища не всегда носили оскорбительный смысл — часто они давались как обереги, чтобы отвести от ребёнка злые силы, или же фиксировали какую-то внешнюю черту (например, желтоватый цвет кожи или волос) в сочетании с оценкой характера.

Другой вариант — фамилия могла быть искусственно создана или записана при переписи населения в XIX веке. В Российской империи у бурят, калмыков и некоторых тюркских народов не было наследственных фамилий до административных реформ. При оформлении документов чиновники могли записать прозвище или родовое имя на слух, исказив его до неузнаваемости. Слово «шармухтунг» могло быть местным диалектным термином, обозначавшим, например, мастера по выделке кож (от «шар» — кожа, шкура в некоторых тюркских диалектах) или человека из рода Шармухтунгов.

Модель образования фамилии не содержит привычного русского суффикса (-ов/-ев, -ин), что указывает на её нерусское происхождение. Она осталась в исходной, неадаптированной форме — так часто бывает с фамилиями народов Сибири и Дальнего Востока, которые не «обрусели» через добавление окончаний. Вероятнее всего, предки носителя фамилии были бурятами, калмыками или алтайцами, и фамилия закрепилась за ними в том виде, в каком её услышал и записал писарь. Географически такие фамилии встречаются в Забайкалье, Бурятии, Калмыкии или в среде сибирских татар.

Если искать аналогии, то фамилия Шармухтунг стоит в одном ряду с такими редкими антропонимами, как Шархун, Мунхтуев или Шарапов (от «шара» — жёлтый). Но её уникальность — в полном отсутствии русской морфологии, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: скорее всего, предки были кочевниками-скотоводами или охотниками, а сама фамилия — застывшее прозвище, данное по внешности или нраву.