Фамилия Шаруненко — яркий пример украинской модели фамилий, которые образовались не от имени или профессии напрямую, а от уличного прозвища. Её основа — прозвище Шарун, а суффикс -енко указывает на «сына» или «потомка» человека с этим прозвищем. Такая модель была особенно распространена на Левобережной Украине и в Запорожье, где фамилии на -енко в XVI–XVII веках вытесняли более старые формы.

Прозвище Шарун могло возникнуть из нескольких источников. Наиболее вероятная версия — от глагола «шарыть» (украинское «шарити»), то есть рыться, искать, ворошить. Шаруном могли назвать непоседливого, суетливого человека, который вечно что-то ищет или копается. В южнорусских говорах «шарун» означало также вора или мошенника, что добавляет прозвищу негативный оттенок. Менее распространённая гипотеза связывает основу с западнославянским «szary» (серый) — в этом случае Шарун мог быть прозвищем по цвету волос или одежды, но для украинского ареала это маловероятно.

Суффикс -енко в фамилии Шаруненко работает как типичный патронимический показатель. Если бы фамилия сложилась в Великороссии, она звучала бы как Шарунов или Шарунин. Украинская форма сохранила старую словообразовательную модель, где прозвище отца напрямую становилось фамилией сына: Шарун → Шаруненко. Интересно, что в документах XVIII–XIX веков можно встретить варианты Шарунченко или Шаруненков — последний результат адаптации фамилии под русское окончание при переселении носителей в центральные губернии.

Фамилия редкая, её гнездо сосредоточено в Черниговской и Полтавской областях, что подтверждает её происхождение из казацкой среды. В сословном отношении предки Шаруненко, скорее всего, были казаками или свободными крестьянами — фамилии на -енко редко встречались у дворянства, которое предпочитало польские модели на -ский. Никаких сведений о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках нет, что только подтверждает её сугубо народный, бытовой характер.