Фамилия Шалуненко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, самой распространённой на Левобережной Украине. Суффикс -енко исторически означал «маленький», «сын» или «ученик» (сравните с русским суффиксом -ович). То есть Шалуненко — это буквально «маленький Шалун» или «сын Шалуна».

Основа фамилии — прозвище Шалун. В украинском языке слово «шалун» имеет два основных значения. Первое и самое очевидное — озорник, проказник, непоседа. Второе, менее известное, но не менее важное: в некоторых говорах «шалуном» называли человека, который занимался шалостью — то есть мелким мошенничеством или плутовством. В старину это слово могло означать не столько ребёнка-проказника, сколько взрослого ловкача, проныру или даже вора, промышлявшего мелкими кражами.

Таким образом, родоначальник Шалуненко мог получить прозвище за живой, непоседливый характер или за склонность к не вполне честным промыслам. В отличие от более «благородных» фамилий, образованных от церковных имён, эта фамилия происходит напрямую от бытового прозвища, что указывает на простое происхождение предков — скорее всего, из казацкой или крестьянской среды. На Украине фамилии на -енко в массе своей закрепились именно за свободными сословиями, а не за шляхтой.

Географически фамилия Шалуненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкасщине, Харьковщине. В России она встречается реже и чаще всего как след миграций конца XIX — начала XX века. Интересно, что в русском языке аналогом этой фамилии могла бы быть фамилия Шалунов, но суффикс -енко однозначно указывает на украинское происхождение.