Фамилия Шалунин по своему происхождению — классический пример «отцовского» именования, застывшего в форме притяжательного прилагательного. Модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность к человеку по прозвищу Шалун. Если бы фамилия образовалась от слова «шалун» в его современном значении, она звучала бы как Шалунов — по аналогии с Шутов, Игрунов. Но суффикс -ин обычно крепится к основам на -а/-я, что наводит на мысль: исходное прозвище звучало как Шалуна. Это мог быть либо человек с определённой манерой поведения (не обязательно ребёнок, а взрослый с озорным или несерьёзным нравом), либо форма личного имени, например, сокращение от Шалунка — ласкового варианта имени Александр или Шалай.

Наиболее вероятная версия, которую поддерживают ономасты, отсылает к диалектному слову «шалун» в значении «сорванец, проказник». В русских говорах у этого слова был и оттенок «бездельник» или «баловник», что делало прозвище не столько обидным, сколько бытово-характеризующим. В документах XVI–XVII веков встречаются прозвища Шалун, Шалунка, Шалуня — их давали не детям, а взрослым, часто крестьянам или посадским людям. Фамилия Шалунин могла закрепиться в северных и центральных губерниях России, где суффикс -ин был особенно распространён в отчествах.

Любопытная деталь: в некоторых регионах, особенно в Сибири, слово «шалун» имело более узкое значение — «тот, кто шатается без дела», почти синоним «гуляки». Это смещает акцент с детской шалости на взрослый образ жизни. Таким образом, предок-Шалунин мог быть не озорником, а человеком, которого в деревне считали легкомысленным или праздным. Встречаются и редкие варианты написания — Шалунников, Шалункин, но Шалунин остаётся самым устойчивым и старым по форме.

С социальной точки зрения, фамилия не указывает на высокое происхождение: она почти наверняка крестьянского или мещанского корня. Дворянские роды с такой фамилией не зафиксированы. В современных справочниках Шалунины встречаются преимущественно в Архангельской, Вологодской и Кировской областях — то есть на территории бывших новгородских и вятских земель, где ономастическая модель на -ин была преобладающей.