Фамилия Шаунин образована по очень продуктивной модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — сын Шауни). Основа здесь — Шауня. Это уменьшительно-ласкательная или обиходная форма от крестильного имени, но вот от какого именно — вопрос, и тут есть две версии.

Самая вероятная основа — имя Шауня как вариант народной формы имени Савва. В русских говорах имя Савва, Савватий нередко превращалось в Сава, Савка, а через аканье и упрощение — в Шава, Шавка, Шауня. Фонетический переход «с» в «ш» встречается в диалектах (например, «шумка» вместо «сумка»), а чередование «в/у» в суффиксах — обычное дело для фамильярных форм. Тогда Шаунин — буквально «потомок Шауни», то есть Саввы или Савватия.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с тюркским или кавказским корнем. В некоторых тюркских языках «шау» или «шауын» означает «шум», «крик», «молва». Прозвище Шауня могли дать шумному, крикливому человеку. Однако для русской фамилии с суффиксом -ин эта версия слабее: подобные прозвища редко образовывались напрямую от абстрактных существительных, а имя Савва было очень популярно у крестьян и духовенства.

Географически фамилия Шаунин встречается не повсеместно, а тяготеет к южнорусским и центральным областям — там, где аканье и диалектные формы имён были нормой. Встречается она и в среде старообрядцев, у которых имя Савва было в особом почёте.

Социальный состав носителей — почти исключительно крестьянский и мещанский. Фамилия не аристократическая, не дворянская: её носителями были, скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по отцу. В документах XVIII–XIX веков Шаунины фиксируются в однодворческих и государственных крестьянах.

Таким образом, Шаунин — типичная русская «отчествообразная» фамилия, возникшая от народной формы имени Савва. Её редкость и специфическое звучание — прямое следствие диалектного произношения, которое сохранило для нас живую речь предков.