Фамилия Шатунин принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Шатунин — сын Шатуна, то есть человека, которого в народе прозвали Шатун.

Основа фамилии — глагол «шататься» в значении «бродить без дела, слоняться, качаться из стороны в сторону». В русских говорах «шатун» — это не просто бездельник, а человек, который не сидит на месте, бродяга или тот, кто ходит неуверенно, пошатываясь. В некоторых регионах «шатуном» называли и медведя-бродягу, вышедшего из берлоги, что придаёт прозвищу дополнительный оттенок — дикого, неспокойного нрава.

Словообразовательная модель проста: корень «шат-» (от «шатать»), суффикс «-ун» (характерный для прозвищ по действию, как «болтун», «молчун», «крикун»), и родовой суффикс «-ин». Прозвище Шатун могли дать непоседливому ребёнку, вечно пропадающему на улице, или взрослому, который часто менял место жительства или работу. В документах XVI–XVII веков встречаются записи о крестьянах и посадских людях с таким прозвищем, что подтверждает его древность и бытовой характер.

Географически фамилия Шатунин тяготеет к центральным и северным областям России. Она чаще встречается в Вологодской, Кировской, Архангельской областях, а также в Поволжье. Это объясняется тем, что в северных говорах слово «шатун» было особенно употребительно. В южных регионах фамилия встречается реже, что может указывать на миграцию носителей в более позднее время.

У фамилии есть однокоренные варианты: Шатунов (с суффиксом -ов, более типичным для южных и восточных областей) и Шатухин (с суффиксом -ух-). Шатунин стоит ближе к северной традиции фамилеобразования, где -ин преобладал. Сословно фамилия не была привилегированной: её носителями в основном были крестьяне и мещане, реже — духовенство (где прозвище могло закрепиться как семинарская фамилия от ироничного «шатун»).