Фамилия Шатуновский — типичный пример того, как географическое прозвище превратилось в родовое имя. Её основа — название населённого пункта Шатуны или Шатуново. Такие топонимы встречаются в основном в западных и центральных регионах бывшей Российской империи: на Смоленщине, в Беларуси и на Украине. Человек, переселившийся из такой деревни в другое место, получал прозвище «Шатуновский» — то есть «выходец из Шатунов». Формант -ский указывает на дворянское или казачье происхождение носителя, но в XIX веке этот суффикс распространился и среди духовенства, и у крестьян, получивших фамилии по месту жительства.

Корень «шатун» в русском языке многозначен. В диалектах «шатун» — бродяга, непоседа, тот, кто шатается без дела. Однако в основе названий поселений чаще лежит не прозвище, а личное имя Шат (уменьшительное от Шатала, Шатило) или фамилия Шатун. Словарь Веселовского фиксирует прозвище Шатун у крестьян и служилых людей XV–XVI веков. В белорусском языке слово «шатун» также могло означать «качели» или «зыбкое место», что давало название болотистой местности.

Географически фамилия редкая и локальная. Основной ареал — юго-запад России, особенно Брянская и Смоленская области, а также восток Беларуси. Встречаются Шатуновские и среди еврейского населения черты оседлости — в этом случае фамилия могла быть искусственно образована от названия местечка Шатуны (Витебская губерния) при присвоении фамилий в XIX веке. Вариант написания с -овский, а не -ский (Шатуновский, а не Шатунский) указывает на то, что в основе лежала уже готовая фамилия Шатун, к которой добавили типичный «дворянский» суффикс.

Словообразовательная модель проста: корень шатун- + суффикс -ов- (притяжательный, указывающий на принадлежность) + -ск- (топонимический суффикс). Такую же структуру имеют фамилии Поповский, Ивановский, Петровский — они строились от фамилии отца или названия усадьбы её владельца. Для Шатуновского это означает, что предок мог быть либо помещиком из сельца Шатуново, либо священником, получившим фамилию по названию прихода.