Фамилия Шалун — редкий случай, когда прозвище, ставшее фамилией, сохранило свою исходную форму без типичных фамильных суффиксов. Это так называемая «неоформленная» фамилия, то есть она совпадает с нарицательным словом и не получила окончаний -ов, -ин, -ский. Такие фамилии характерны в основном для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений.

Основа фамилии прозрачна: «шалун» — озорник, проказник, непоседа. В русских говорах слово имело широкий спектр значений: от безобидного баловня до человека, склонного к шалостям и несерьёзному поведению. В некоторых регионах «шалуном» могли назвать и того, кто любит подшутить, и даже просто активного ребёнка. Прозвище давали не как ругательство, а скорее как бытовую характеристику — за живой нрав или любовь к розыгрышам.

Слово «шалун» — исконно русское, образованное от глагола «шалить» (озорничать, проказничать). В древнерусском языке «шаль» означала дурь, безумство, но к XVI–XVII векам значение смягчилось до «проказа, баловство». Таким образом, прозвище Шалун могло закрепиться за человеком, который вёл себя непоседливо или не по возрасту игриво.

Встречается фамилия преимущественно на юге России и в восточных областях Украины. В центральных и северных губерниях она редка, так как там была сильнее традиция «облагораживать» прозвища суффиксами. Иногда фамилию Шалун могли записать и как Шалунов — под влиянием канцелярской нормы, требовавшей «русского» окончания. Но исходный вариант без суффикса сохранился и дошёл до наших дней.

Сословно фамилия не закреплена: Шалунами могли записать и крестьянина, и мещанина. В ревизских сказках XVIII–XIX веков эта фамилия встречается у государственных крестьян и однодворцев — потомков служилых людей южных рубежей. Никакой негативной окраски в ней не было: скорее, это фамилия-характеристика, напоминающая о живом и неугомонном предке.