Фамилия Шалунина — женская форма от Шалунин, и её разбор сразу даёт ключ к происхождению. Модель простая: основа «шалун» плюс типичный русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «шалунов сын»). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён или прозвищ на твёрдый согласный, -ин характерен для основ на -а, -я и мягкий согласный. Здесь же основа мужского рода, и выбор суффикса объясняется тем, что слово «шалун» в древнерусском склонялось по типу «сын» (родительный падеж — «шалуна»), отсюда и форма Шалунин.

Прозвище Шалун в XVI–XVII веках не обязательно означало озорника или баловника в современном смысле. В северных и сибирских говорах «шалун» могло быть именем для нечистой силы, домового или лешего — эвфемизм, чтобы не называть опасное существо напрямую. Соответственно, родоначальник мог получить такое прозвище за беспокойный нрав, суетливость или, наоборот, как оберег: считалось, что имя с «отрицательным» значением отводит от ребёнка беды. Есть и более прозаичная версия: в некоторых диалектах «шалун» — это человек, который «шалит» в смысле балуется, дурачится, то есть шутник или задира.

Географически фамилия Шалунин (и Шалунина) чаще встречается в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. Это косвенно подтверждает связь с севернорусскими говорами, где слово «шалун» бытовало в значении «проказник» или «нечистый дух». В южных регионах фамилия редка, что отличает её от однокоренных Шалимов или Шалунов, которые распространены шире.

Сравнение с родственными фамилиями помогает точнее понять значение. Шалунов — та же основа, но с суффиксом -ов, что встречается реже и может указывать на более позднее оформление или влияние других диалектных норм. Шалимов образовано от имени Шалим (краткая форма от Шалай или Шалый), а Шалунин стоит особняком: оно прямое, почти прозрачное, без затемнённой этимологии. Поэтому для носителя фамилии Шалунина наиболее вероятная история предка — прозвище, данное за характер или по суеверным соображениям, а не за ремесло или место жительства.