Фамилия Шаткусов — редкая и морфологически прозрачная, но её основа ставит перед исследователем непростой выбор. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединён к основе Шаткус. Вопрос в том, что скрывается за этим «Шаткус» — личное прозвище, искажённое имя или топоним.

Самая прямая версия — прозвище, образованное от глагола «шатать» или однокоренных слов. В северных и сибирских говорах «шаткус» могло означать человека неустойчивого, шаткого в походке или в решениях. Однако суффикс -ус в русских прозвищах нечаст, он больше характерен для заимствований, например из польского или украинского языков. Поэтому нельзя исключать, что перед нами адаптация иноязычной фамилии: скажем, литовской Šatkus (от šatė — «сорока» или прозвища болтливого человека) или польской Szatkusz. В таком случае русское окончание -ов просто русифицировало исходную форму, и предки могли быть выходцами из западнорусских земель или Прибалтики.

Третья версия — от имени или прозвища Шатко, которое в старину фиксировалось на юге России и в Беларуси. Шатко — уменьшительное от Шата (сокращение от крестильного имени, например, Савватий или Афанасий), а суффикс -ус мог появиться как позднее книжное или канцелярское искажение при записи в ревизских сказках. Такие казусы случались: писарь, не расслышав окончания, добавлял «ус» по аналогии с латинскими или польскими фамилиями.

Географически фамилия Шаткусов встречается точечно, чаще всего в Поволжье и на Урале. Это косвенно указывает на то, что носители могли быть переселенцами из западных губерний или потомками служилых людей, получивших прозвище на новом месте. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская: в дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована.

Однозначного ответа нет, но наиболее правдоподобной кажется версия о прозвищном происхождении от «шаткий» с возможным западным влиянием в суффиксе. Фамилия не массовая, что делает её историю более индивидуальной: предки Шаткусовых, вероятно, были людьми с яркой речевой характеристикой, которую и закрепила фамилия.