Фамилия Шатона — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её форма сразу наводит на две мысли: либо перед нами украинская или белорусская фамилия с характерным окончанием, либо искажённая запись более привычного варианта.

Ключ к разгадке — суффикс. В русских фамилиях стандартные окончания -ов, -ев, -ин. Окончание -а, как в слове «Шатона», для великорусской традиции нетипично. Зато в украинском и белорусском языке фамилии на -а (или -о) — обычное дело: Шевченко, Гончар, Сковорода. Однако «Шатона» не вписывается и в эту модель: ударное окончание -а́ чаще встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или названий профессий (Мазепа, Голота). Здесь же основа «Шат-» явно указывает на корень.

Скорее всего, перед нами русская фамилия, которая в процессе записи в документах или при переезде в другой регион получила нестандартное окончание. Её основа — «Шат-» — восходит к древнерусскому прозвищу Шат. В говорах «шат» означало «беспокойный человек», «шатун», «бродяга» или «непоседа» (от глагола «шататься»). Так могли прозвать суетливого, непоседливого или непостоянного человека. В этом случае фамилия должна была звучать как Шатов (чей? — сын Шата). Вариант Шатона мог возникнуть, если писарь записал фамилию на слух, добавив окончание родительного падежа: «Шатона» — «сын Шата» (как «Петра» от «Петр»). Со временем эта форма закрепилась как именительный падеж.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским словом «шат» (радостный, весёлый). Но в таком случае фамилия скорее имела бы окончание -ов (Шатов) или -ев (Шатев). Форма Шатона для тюркского корня нетипична.

Таким образом, наиболее правдоподобно: фамилия Шатона — это фонетический или канцелярский вариант фамилии Шатов. Предок носителя получил прозвище Шат за беспокойный нрав или склонность к скитаниям. Фамилия встречается крайне редко; её носители, вероятно, происходят из регионов, где в XIX веке была высока доля неграмотного населения и часты ошибки при записи фамилий (например, южнорусские или поволжские губернии).