Фамилия Шауджан — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели образования от славянских корней с суффиксами -ов, -ин или -ский. Её основа явно иноязычная, и наиболее вероятное объяснение лежит в тюркских или кавказских языках.

Первая часть, «Шау», может восходить к тюркскому слову «шау» (шум, слава, известность) или быть вариантом имени Шау (сокращение от Шаукат — «величие»). Вторая часть, «джан», в тюркских и иранских языках означает «душа», «жизнь», а в персидском и азербайджанском используется как ласковое обращение (буквально «душа моя»). Таким образом, Шауджан могло быть составным личным именем или прозвищем со значением «славная душа» или «величие души». Такие двухкомпонентные имена (с элементом «джан») характерны для народов Кавказа, Средней Азии и Поволжья — например, у азербайджанцев, кумыков, татар.

Как фамилия Шауджан закрепилась в русском языке без типичных русских суффиксов. Это говорит о позднем оформлении: скорее всего, носители фамилии — потомки выходцев из тюркоязычной или кавказской среды, которые в XIX–XX веках получили фамилию в неизменной форме, без добавления -ов/ев. Встречается она в основном на Северном Кавказе и в Закавказье, а также среди диаспор в центральной России.

Других версий происхождения, например, от славянского корня, не существует — ни один славянский язык не даёт осмысленной этимологии для «Шауджан». Поэтому версия с тюркско-персидским именем-прозвищем остаётся единственно правдоподобной. Фамилия не имеет отношения к дворянским родам или известным историческим династиям — она бытовая, отражающая личное качество или пожелание предка.