Фамилия Шаулканова — редкая и сложная для однозначной этимологии. Её основа «Шаулкан» почти наверняка восходит к личному имени или прозвищу тюркского происхождения. Точнее всего здесь видна связь с арабским именем Шаукат (через тюркское посредничество), которое означает «величие», «могущество» или «сила». В тюркских языках, особенно в казахском, башкирском и татарском, имя могло трансформироваться в форму «Шаулкан» или «Шаукатжан» (где «жан» — душа). Таким образом, исходное имя Шаулкан — это, скорее всего, народный вариант мусульманского имени со значением «могучий» или «величественный».

Модель образования фамилии проста и типична для русской ономастики: к основе «Шаулкан» добавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Фамилия Шаулканова — это «дочь/жена Шаулкана». Мужская форма — Шаулканов. Такие фамилии на -ов/-ев массово возникали у крещёных татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья в XIX — начале XX века, когда им давали русские фамилии по имени отца. Однако не обязательно, что предки были крещёными: в метрических книгах и документах мусульманское население тоже нередко записывали по той же схеме.

Географически фамилия тяготеет к регионам расселения тюркских народов: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области, а также северо-запад Казахстана. Встречается она нечасто, что указывает на локальное происхождение от одного конкретного рода. Сословно предки Шаулкановых могли быть и крестьянами, и мещанами, и служилыми татарами — точных данных нет, но по именной модели можно предположить, что родоначальник был человеком уважаемым, раз носил имя со значением «величие».

Есть и менее вероятная, но не исключённая версия: связь с калмыцким или монгольским словом «шаул» — «ученик», «послушник». В таком случае «Шаулкан» могло быть прозвищем монаха или ученика при буддийском храме. Но эта гипотеза слабее, так как фамилия встречается преимущественно в мусульманской среде, а не в буддийской (калмыцкой). В целом, наиболее правдоподобное объяснение — от тюркского имени Шаулкан, производного от арабского Шаукат.