Фамилия Шавкерина — женская форма фамилии Шавкерин, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Шавка, которое, скорее всего, образовано от глагола «шавкать» — в русских говорах так говорили о невнятной, неразборчивой речи, о картавости или шепелявении. Человека, который «шавкал» (то есть говорил нечётко, сюсюкал или картавил), могли прозвать Шавкой. От этого прозвища через типичную восточнославянскую модель с суффиксом -ин и возникла фамилия: Шавка → Шавкерин (чей? — сын Шавки).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: в древнерусской традиции так образовывались патронимы от основ на -а/-я. Фамилия Шавкерин, таким образом, буквально означала «сын Шавки». Со временем патроним закрепился как наследственная фамилия.

Менее вероятно, но возможно, что основа связана с тюркскими языками: слово «шавка» в некоторых тюркских наречиях означает «крик, шум», или же восходит к имени Шавкат (арабское «сила, могущество»). Однако для русской фамильной системы такое объяснение менее типично: фамилии на -ин в центральной России чаще отходят к прозвищам или обиходным именам, чем к заимствованным личным именам. К тому же, в документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские с прозвищем Шавка, что подтверждает бытовую, а не книжную природу основы.

Фамилия Шавкерина — довольно редкая, не входит в списки самых распространённых русских фамилий. Она могла возникнуть в среде крестьян или ремесленников, где прозвища давали по характерным чертам поведения или речи. Географически фамилия встречается разрозненно, без явного гнезда: единичные случаи фиксируются в Вологодской, Костромской областях и на Урале. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово давали по профессиям и отчествам на -ович, прозвищные фамилии на -ин чаще сохраняли локальный, семейный характер.