Фамилия Шавкерова — женская форма мужской фамилии Шавкеров, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный, с помощью суффикса -ов. Вопрос в том, что лежит в основе — имя, прозвище или этноним.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них слово «шавкар» (или «шавкер») имеет несколько значений, но чаще всего это «сокол», «ястреб» или «ловчая птица». Прозвище Шавкер могли дать человеку, который занимался соколиной охотой, держал ловчих птиц или обладал характером, сравнимым с хищной птицей: зорким взглядом, стремительностью, гордостью. В тюркской ономастике такие прозвища были распространены, а фамилии на -ов от них — обычное дело при русификации.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — от арабского имени Шавкат (Шавкет), что значит «могущество», «величие». В татарской и башкирской среде имя Шавкат было популярно, и его форма Шавкер могла возникнуть как диалектный или бытовой вариант. Тогда Шавкеров — «сын Шавкера», то есть потомок человека с таким именем. Однако такая трансформация нехарактерна для русского суффиксального словообразования, поэтому версия с прозвищем от птицы выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, не массовая. Географически её носители встречаются в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — в регионах, где исторически плотно пересекались русское и тюркское население. Это косвенно подтверждает тюркское происхождение основы. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по прозвищам или именам отцов.

Словообразовательный разбор прост: корень «шавкер», суффикс «-ов», окончание «-а» (женский род). Ударение, судя по аналогичным фамилиям (Шавкеро́в), падает на последний слог основы. Однокоренные фамилии — Шавкер, Шавкерский, Шавкерович — встречаются ещё реже и могут быть вариантами одной и той же родовой ветви.