Фамилия Шавлиханов — редкий пример, где тюркский пласт русской ономастики соединился с арабским через посредничество персидского языка. Её основа — мужское имя Шавлихан, которое чётко распадается на две части: «Шавли» и «хан».

Первая часть восходит к арабскому имени Шавкат (شوكت) — «величие», «могущество», «достоинство». В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, оно подверглось фонетическому изменению: долгий гласный и конечный «т» редуцировались, и имя зазвучало как Шавли. Вторая часть — «хан» — титул правителя, но в составе личных имён у тюркских народов он давно утратил значение власти и стал компонентом, означающим «господин», «повелитель» или просто усилительным элементом. Таким образом, Шавлихан — это «могучий господин» или «обладающий величием правитель».

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Шавлихан добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Шавлихана»). Такой способ словообразования характерен для фамилий, возникших у тюркских народов Поволжья и Приуралья после вхождения в состав Российского государства — когда отчество на -ович/-евич для нерусского населения было редкостью, а фамилии оформлялись по упрощённой схеме через -ов/-ев.

Носители фамилии Шавлиханов — почти исключительно татары и башкиры. Географически фамилия тяготеет к западному Башкортостану и юго-восточному Татарстану, а также встречается среди татарской диаспоры в Средней Азии, куда многие семьи переселились в советское время. Ударение в фамилии обычно падает на третий слог: Шавлиха́нов.

С точки зрения сословной истории, Шавлихановы — это, скорее всего, потомки служилых татар или башкир-вотчинников. Имя Шавлихан давали не крестьянам-общинникам, а людям с определённым положением: муллам, старшинам, торговцам. В метрических книгах XIX века эта фамилия встречается эпизодически, что говорит о её относительной редкости и, вероятно, о локальном происхождении от одного реального предка по имени Шавлихан.