Фамилия Шаяхина — женская форма мужской фамилии Шаяхин. Её основа восходит к тюркскому мужскому имени Шаях, которое состоит из двух частей: «шах» (персидское «царь, владыка») и аффикса принадлежности или уменьшительности «-ях». В тюркских языках этот компонент может означать «свой, родной», поэтому имя Шаях часто трактуют как «свой царь» или «мой господин». Встречается и более прозаичное объяснение: Шаях — это фонетический вариант имени Шахит (от арабского «шахид» — свидетель, мученик за веру), адаптированный в просторечии.

Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ин, который в Поволжье и Приуралье активно присоединяли к тюркским основам. Это типичная фамилия татар, башкир или представителей других тюркоязычных народов, живших в зоне культурного и языкового контакта с русским населением. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века Шаяхины нередко записаны как тептяри или государственные крестьяне — сословия, распространённые в Уфимской, Казанской и Оренбургской губерниях.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Шая́хина. Встречается вариант с ударением на «и» — Шаяхина́, но он менее характерен для русской адаптации тюркских фамилий с суффиксом -ин. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Шаях никогда не было массовым и оставалось локальным, закрепившись в нескольких родах.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шаяхметов, Шаяхов — показывает, что общий корень «шах-» указывает на уважительное прозвище или имя, данное при рождении. В отличие от них, Шаяхин — более короткая форма, без второго компонента (как в Шаяхметов, где «мет» — из арабского «Мухаммад»). Это говорит о том, что предок носителя фамилии мог зваться просто Шаяхом, без дополнительного религиозного или почётного добавления.