Фамилия Шайфулина — женская форма фамилии Шайфулин, и её основа уводит нас в татарскую или башкирскую среду. В русском обиходе такие фамилии закрепились через суффикс притяжательности -ин, который присоединялся к мужскому прозвищу или имени, оканчивающемуся на согласный или -а/-я. Если бы фамилия была образована от основы на -ов/-ев, мы бы имели дело с другими правилами, но здесь сработала именно модель «чья?» — Шайфулина, то есть «дочь или жена Шайфулина».

Само мужское имя Шайфулин — это русифицированная форма тюркского имени Шайфулла (или Шайхулла). Оно составное: первая часть восходит к арабскому «шайх» — старец, почтенный человек, глава рода, а вторая — «улла» (аллах) — бог. Вместе имя означает «почтенный раб Аллаха» или «старец божий». Такие имена с компонентом «улла» (Гайнулла, Хайрулла, Багаутдин) были распространены среди мусульман Поволжья и Приуралья, особенно у татар и башкир, которые часто давали детям имена с религиозным смыслом.

В русской среде конечное «-улла» в фамилиях нередко упрощалось до «-улин» или «-ин». Так Шайхулла превратился в Шайфулу, а затем в Шайфулина. Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — там, где исторически жили татары-мишари или тептяри. Встречается и у казанских татар, но реже.

Иногда можно услышать версию, что фамилия связана с шайкой (группой людей) или словом «шайф» в значении «изгиб», но это народная этимология: ни в одном тюркском наречии нет таких корней, которые бы объясняли фамилию без натяжки. Религиозное имя — единственное надёжное объяснение.

Носительницы фамилии Шайфулина сегодня — это потомки тех, кто в XVIII–XIX веках носил имя Шайфулла, а при переписях и паспортизации получил фамилию по отцу. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и торговцами или муллами — имя не указывает на ремесло, только на веру и уважение в общине.