Фамилия Шайхемуллин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а титул, да ещё и в арабской записи. Разобраться в её происхождении проще, если знать, как устроены мусульманские имена татар и башкир.

Корень «шайх» (от арабского شيخ — «старец», «вождь», «учитель») — не имя, а почётное звание. В исламе шейхом называли духовного наставника, главу суфийского ордена или просто уважаемого знатока Корана. Вторая часть — «емулла» — это искажённое арабское «улла» (الله), то есть «Аллах». Соединяясь, «шайх-улла» даёт значение «шейх Аллаха» или «старший во имя Аллаха» — титул, который носили особо почитаемые религиозные деятели.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Шайхемуллин — потомок или человек из рода Шайхемуллы. Такая модель образования типична для тюркских фамилий, которые оформились в конце XIX — начале XX века, когда у татар и башкир начали массово фиксировать фамилии по отцу. В метрических книгах и переписях можно встретить варианты написания: Шайхемуллин, Шайхемулов, а иногда и Шайх-Емуллин — через дефис, что подчёркивало составной характер имени.

Географически фамилия плотно привязана к регионам с татаро-башкирским населением: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. Носители часто происходят из деревень, где в XIX веке жили муллы и ученики медресе. Встречается и у казахов, но реже — там фамилии обычно оформлялись через суффикс «-улы» или «-кызы».

Спорных версий тут почти нет. Корень «шайх» иногда путают с арабским «шахид» («мученик за веру»), но это разные слова. Единственное, о чём стоит сказать: в советское время часть носителей могла сменить фамилию на более нейтральную — Шаймуллин или Шайхутдинов, — чтобы избежать ассоциаций с духовенством. Поэтому Шайхемуллин — одна из тех фамилий, что прямо указывает на религиозное происхождение предка, в отличие от распространённых «профессиональных» татарских фамилий вроде Хальфин (учитель) или Муфтиев.