Фамилия Шайхилова — женская форма фамилии Шайхилов, и её происхождение напрямую связано с тюркским миром. Основа фамилии — имя или прозвище «Шайхил», которое, в свою очередь, восходит к арабскому титулу «шейх» (شيخ) — «старейшина», «глава рода», «мусульманский богослов». Суффикс «-ил» здесь может быть как уменьшительно-ласкательным (в тюркских языках), так и показателем принадлежности, превращая «шейха» в «шейхового» или «маленького шейха». Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был либо потомком уважаемого духовного лица, либо сам получил прозвище за набожность, мудрость или лидерские качества.

Формант «-ов» (в мужском варианте Шайхилов) — типичный русский патронимический суффикс, указывающий на «сына» или «внука» определённого человека. Это значит, что фамилия оформилась в русскоязычной среде, вероятно, среди татар, башкир или других тюркских народов, живших в контакте с русскими. Женская форма на «-а» просто обозначает «принадлежащая роду Шайхиловых» или «дочь/жена Шайхила».

Географически фамилия Шайхилова чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах с исторически сильным татарским и башкирским населением. Встречается она реже, чем, скажем, Шайхиев или Шайхутдинов, что говорит о её более локальном бытовании. Скорее всего, предки носительницы фамилии были муллами, сельскими старостами или просто уважаемыми людьми в общине — теми, кого называли «шейхом» не по формальному званию, а по авторитету. В отличие от фамилий, образованных от профессий (кузнец, плотник), эта указывает на социальный статус и духовный вес предка.