Фамилия Шаймакова — женская форма, а мужская — Шаймаков. В её основе лежит тюркское мужское имя Шаймак, которое можно разобрать на две части: «шай» (от арабского «шах» — царь, господин, или от персидского «шай» — вещь, предмет) и «мак» (тюркский уменьшительно-ласкательный суффикс). Таким образом, имя Шаймак могло означать «князёк» или «маленький господин», а в бытовом употреблении — просто ласковое прозвище для младшего или любимого сына.

Модель образования типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе на согласный добавляется суффикс -ов/-ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Шаймаков). Встречается и вариант Шаймаков, и Шаймаков, что связано с диалектным произношением: в некоторых тюркских языках звук «а» в конце имени мог редуцироваться или заменяться на «у», но письменная фиксация закрепила имя через «а».

Географически фамилия тяготеет к регионам с историческим татарским и башкирским населением — Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также к местам переселения волжских татар в XIX—XX веках (например, Астраханская область или Сибирь). Встречается и у казанских татар, и у мишарей, что говорит о бытовании имени в разных тюркских группах.

Редкость фамилии в том, что имя Шаймак почти не фиксируется в современных тюркских именословах — оно архаичное, вытесненное более популярными арабскими и новыми именами. Поэтому носители фамилии Шаймакова — потомки людей, носивших это имя ещё в XVI—XVIII веках, когда в среде татар и башкир было принято давать детям «домашние» имена с уменьшительными суффиксами, не всегда совпадающие с официальным мусульманским именем. Предки могли быть как рядовыми общинниками, так и служилыми татарами, если фамилия закрепилась в среде ясачных или казачьих групп.