Фамилия Шаймоканов — относительно редкая, её происхождение напрямую связано с тюркскими языками, скорее всего, с казахским или башкирским. Основа фамилии — личное имя Шаймокан. Это сложносоставное имя, типичное для тюркской ономастики: первая часть «Шай» восходит к арабскому «шайх» (старейшина, глава рода, почтенный человек), а вторая — «мокан/мукан» — может быть вариантом имени Мукан, которое, в свою очередь, происходит от арабского «муким» (постоянный, живущий) или «мухан» (слуга, труженик). В целом имя Шаймокан можно истолковать как «почтенный старейшина» или «уважаемый глава».

Фамилия образована по стандартной для русской среды модели: к основе Шаймокан добавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Шаймоканов). В данном случае суффикс -ов не исконно русский, а заимствованный из славянской традиции оформления фамилий для тюркских народов, входивших в состав Российской империи. Это типичный пример «русификации» тюркского имени при записи в метрические книги или переписи населения.

Географически фамилия Шаймоканов почти наверняка указывает на регионы с преобладанием казахского или башкирского населения — Оренбургская, Челябинская области, Башкортостан, а также северные области Казахстана. Распространение её за пределами этих территорий минимально. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении, возможно, от конкретного родового имени или прозвища предка.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или казачьей. В Оренбургском казачьем войске было много башкир и казаков, носивших подобные патронимы. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к купечеству у фамилии Шаймоканов нет — это фамилия простого сельского населения.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду с другими, образованными от двусоставных тюркских имён: Баймоканов, Таймоканов, Карамоканов. Все они объединены общей второй частью и разной первой, описывающей качество или статус человека. Если сравнивать с однокоренными, то Шаймоканов — одна из самых редких вариаций, что делает её интересной для локальных генеалогических исследований.