Фамилия Шайсултанов образована от мужского тюркского имени Шайсултан (Шахисултан). Первая из них восходит к имени Шахи, которое в переводе с персидского означает «относящийся к шаху, подобный шаху», «самый лучший, самый главный, великий». Вторая часть ведет свое начало от арабского имени Султан - «властелин, правитель, повелитель, глава государства, монарх, император». Таким образом, потомок человека, которого звали Шайсултан, со временем получил фамилию Шайсултанов.