Фамилия Щафикова — женская форма фамилии Щафиков, и её происхождение заслуживает отдельного разговора из-за редкости корня. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), основа «Щафик» не встречается в святцах и не имеет очевидных славянских параллелей. Самое правдоподобное объяснение — тюркское происхождение, скорее всего, из татарского или башкирского языков.

В тюркских языках слово «шафик» (или «щафик» в русской передаче) восходит к арабскому «шафик» — «милосердный», «сострадательный». Это одно из имён-эпитетов, которые в исламской традиции давали мальчикам. При переходе в русскую фамилию звук «ш» мог замениться на «щ» из-за особенностей местного произношения или записи в документах: в Поволжье и Приуралье, где фамилия встречается чаще всего, такая замена не редкость. Суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: «Щафиков» — сын Щафика.

Модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде крещёных татар или башкир: имя-основа (Щафик) плюс патронимический суффикс -ов. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком незнатного происхождения — крестьянином, ремесленником или мелким служилым, — которого в метриках или переписных листах записали по отцу. Сословный состав здесь невысокий: дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Встречается фамилия преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — в зоне исторического расселения тюркских народов. Вариант «Шафиков» гораздо распространённее, а форма с «щ» — более редкая и локальная, что делает её хорошим маркером конкретного говора или канцелярской традиции XIX века. Если искать однокоренные фамилии, то это Шафиков, Шафигуллин (с арабским «гулла» — раб Божий) и, возможно, Щапов — но последняя имеет другую этимологию, от слова «щап» (щеголь).