Фамилия Щегербаева — редкий пример, где разбор начинается не с корня, а с суффиксального оформления. Окончание -аев указывает на тюркское происхождение: такие фамилии характерны для татар, башкир, казахов и других народов Поволжья и Урала. В русской передаче суффикс -ев присоединился к основе, оканчивающейся на -ай/-ей, что дало форму Щегербаев. Женский вариант на -а — типичное окончание для русской грамматики, но сама фамилия остаётся нерусской по корню.

Основа «Щегербай» распадается на два компонента. Первая часть — «щегер» — восходит к тюркскому слову со значением «болезнь», «хворь», «язва» (в некоторых диалектах — «чесотка»). Вторая — «бай» — означает «богач», «хозяин», «господин». Соединение даёт прозвище, которое звучит парадоксально: «богатый болезнью» или «хозяин язвы». Скорее всего, это имя-оберег: в тюркской традиции ребёнку давали имя с «плохим» значением, чтобы отогнать злых духов и настоящие болезни. Подобная практика широко известна у многих народов — от татар до туркмен.

Словообразовательная модель «прозвище + бай» — одна из самых распространённых в тюркской антропонимии. Сравните: Ахметбай, Ильгизбай, Туктарбай. В русской среде такие имена превращались в фамилии через добавление -ов/-ев, реже -ин. Щегербаев — типичный случай, когда исходное личное имя (Щегербай) стало фамилией без изменений основы, только с русским суффиксом.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где жили татары-мишари или башкиры. Встречается в Оренбургской области, Башкортостане, Татарстане. В дореволюционных переписях единичные носители зафиксированы в Уфимской и Казанской губерниях. Социальный слой — преимущественно крестьяне и мелкие торговцы, так как «бай» в фамилии не указывает на реальное богатство, а лишь на именную модель.

В ономастических справочниках фамилия почти не описана. Словарь Унбегауна не включает её, но методология разбора тюркских фамилий у него подтверждает: суффикс -аев и основа на -бай — характерный признак. Споров вокруг корня нет: все толкования сходятся на медицинской семантике «щегер». Правдоподобнее всего версия обережного имени — она объясняет и негативное значение, и широкое бытование подобных имён в прошлом.