Фамилия Щелкукнова — редкий случай в русском ономастиконе, где прозвище образовано от глагола со значением «бить, колотить». В основе лежит слово «щелкук» или «щелкука» — так в русских говорах называли человека, который «щелкает», то есть бьёт, колотит или щёлкает по чему-либо. Чаще всего прозвище давали драчуну, забияке или человеку с резкими, отрывистыми движениями. В некоторых диалектах «щелкун» означало ещё и пустого болтуна, но форма с суффиксом -ук- (-юк-) скорее указывает на активное действие, а не на говорливость.

Модель образования фамилии — суффикс -ов, присоединённый к основе «Щелкукн-». Удвоение «к» и вставка «н» — особенности народного произношения, которые закрепились в документах. Без «н» фамилия звучала бы как Щелкуков, но в реальности бытовал именно вариант с «н», что характерно для южнорусских и украинских говоров, где часто добавляли «н» для благозвучия (сравните: «щелкун» и «щелкука»). Женская форма Щелкукнова указывает, что носительница — дочь или жена Щелкукнова.

Географически фамилия тяготеет к югу России: её фиксировали в Курской, Воронежской и Ростовской областях. Там же встречаются однокоренные прозвища Щелкун, Щелкунец и фамилия Щелкунов. Но Щелкукнова — более редкий вариант, который мог возникнуть в одной локальной группе, где прозвище закрепилось за конкретным родом.

В сословном отношении носители фамилии — почти наверняка крестьяне или однодворцы. Дворянские роды с такой фамилией не известны, а в ревизских сказках XIX века Щелкукновы записаны как государственные крестьяне. Прозвище не несло уничижительного оттенка — скорее, описывало характер или привычку предка.

Если сопоставить с другими фамилиями на -ук, -юк (Щелкук, Щелкученко, Щелкуновский), то Щелкукнова стоит особняком: она сохранила архаичный суффикс -ук- и добавочное «н», что делает её звучание необычным даже на фоне однокоренных. Сегодня фамилия встречается редко, в основном в центральных и южных регионах России, и не имеет известных знаменитых носителей.