Прозвище Щелкун восходит к глаголу «щелкать» - «производить хлопающий звук». Таким образом, фамилия Щелкунова может указывать как на вкусовые пристрастия, так и на характер человека. Прозвище и фамилия были довольно популярны в старину. Веселовского упоминаются: Афанасий Федоров Щелкунов, подьячий, 1595 г., Новгород; Треня Щелкун, крестьянин, 1657 г., Нижний Новгород. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Щелкун, со временем получил фамилию Щелкунова.