Фамилия Щелокин — редкий случай, когда исходное слово почти не изменилось за века. В основе лежит «щелок» — щепа, осколок, лучина, а в некоторых говорах — «щелок» как щека. Но в русских фамилиях на -ин этот корень обычно связан не с частью лица, а с предметом: щелоком называли мелко наколотые дрова или лучину для растопки. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Щелокин, то есть сын или работник Щелока.

Прозвище Щелок могли дать по профессии или по внешности. Первая версия: предок колол лучину, торговал щепой или жил в местности, где заготовка щепы была основным промыслом. Вторая — человека с впалыми щеками или худощавого могли прозвать Щекой, но в диалектах слово «щелок» встречается редко, и фамилия Щелокин почти не имеет однокоренных аналогов в других регионах, что говорит о локальном происхождении.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России — Тульской, Рязанской, Воронежской. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с таким именованием, но массового распространения не было. В отличие от фамилий на -ов (Щелков, Щепкин), Щелокин остался редкой ветвью, что подтверждает её прозвищное, а не географическое происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Щелоков, Щелоковский — показывает, что форма на -ин более архаична: она прямо указывает на прозвище отца, тогда как -ов могло возникнуть от названия деревни или ремесла. Если Щелоковы встречаются в нескольких регионах, то Щелокины — почти всегда потомки одного конкретного человека, получившего прозвище за занятие или приметную внешность.