Фамилия Щелупинина в исходной мужской форме — Щелупинин — образована по редкой словообразовательной модели. Суффикс -ин здесь присоединён не напрямую к прозвищу, а к основе, уже имевшей суффикс -ин-: Щелупа → Щелупин (сын или человек Щелупы) → Щелупинин (внук или потомок Щелупина). Такие «двойные» фамилии на -инин встречаются нечасто и указывают на то, что родоначальника звали не просто по отцу, а по деду: то есть носитель фамилии — не сын, а внук человека с прозвищем Щелупа.

Прозвище Щелупа, скорее всего, связано со словом «щелупа» — так в некоторых русских говорах называли скорлупу, шелуху, лузгу, а также нечто мелкое, пустое или негодное. Человека могли прозвать Щелупой за худобу, невзрачный вид или за склонность к пустым разговорам — «щелупить» значило болтать вздор, чесать языком. В ономастике известны однокоренные фамилии Щелухин, Щелупин, Щелупко — все они восходят к тому же гнезду, но Щелупинин стоит особняком из-за своей трёхступенчатой структуры.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России: в переписях XVII–XVIII веков Щелупины встречаются в Вятском крае и на Урале, где фамилии на -инин закрепились как патронимы второго порядка. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или посадская — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если принять версию о происхождении от прозвища Щелупа, то исходное значение фамилии можно реконструировать так: «внук того, кого звали Щелупой». Со временем двойной суффикс стёр родовую память, и фамилия стала восприниматься как цельная, но именно эта редкая модель — лучшая подсказка для тех, кто ищет свои корни в документах XVII–XVIII веков.