Фамилия Щепчатов — редкая и морфологически прозрачная. Она образована по продуктивной модели отчества на -ов от прозвища или профессии Щепчат, а то, в свою очередь, — от прилагательного «щепчатый». В русских говорах «щепчатый» означало «сделанный из щепы», «покрытый щепой» или «похожий на щепку». Самая прямая и убедительная версия происхождения — ремесленная: Щепчатым могли называть кровельщика, который крыл крыши дранкой (колотой щепой), или мастера по изготовлению деревянной щепы для плетения коробов, лукошек, а также для растопки. В некоторых регионах «щепчатником» именовали того, кто колол лучину или щепу на продажу.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным прозвищем Щепка — так могли прозвать худого, щуплого человека. Однако суффикс -ат- в основе (Щепчат) указывает скорее на признак предмета или материала, чем на внешность: «щепчатый» — это не «похожий на щепку», а «сделанный из щепы» или «имеющий отношение к щепе». Поэтому ремесленная версия выглядит предпочтительнее.

По географии фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где было распространено деревянное зодчество и промыслы по обработке древесины. Встречается она крайне редко, в основном в единичных записях по Ярославской, Костромской и Вологодской губерниям. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, уже в XIX веке, в среде государственных крестьян или мещан, занимавшихся плотницким делом.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с более известными Щепетовым (от «щепет» — щегольство, мелочь) и Щепкиным (от «щепка»), но отличается от них именно суффиксом -чат-, который встречается в русских фамилиях нечасто и обычно указывает на «сделанный из» или «снабжённый чем-то» (сравните: дощатый, бревенчатый). Таким образом, Щепчатов — это «сын Щепчатого», то есть потомок человека, чьё прозвище или занятие было связано с обработкой щепы.