Фамилия Щепчун — редкий пример, где суффикс -ун несёт основную смысловую нагрузку. В русских фамилиях этот суффикс обычно указывает на лицо по действию: бегун, крикун, ворчун. Щепчун, скорее всего, образован от глагола «щепать» (раскалывать, расщеплять) или существительного «щепа» (щепка, лучина). Таким образом, предок мог быть человеком, занятым щеплением — изготовлением лучины, колкой дров или работой с деревом. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто закреплялись за детьми, суффикс -ун сохраняет живость прозвища: Щепчун — это не «сын щепчуна», а сам человек, которого так прозвали за характерное занятие или манеру.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным русским землям и Украине. В украинском языке суффикс -ун встречается чаще, чем в северных говорах, и нередко образует прозвища ремесленников: например, Ковальчук или Ткачун. Щепчун мог возникнуть на стыке русской и украинской антропонимии, где основа «щеп-» общеславянская, а модель — характерная для малороссийского региона. В переписях XIX века такая фамилия почти не встречается, что подтверждает её локальный и, вероятно, поздний характер.

Есть и другая версия: корень может быть связан со словом «щепка» в переносном смысле — так могли прозвать худого, щуплого человека. В говорах «щепа» иногда означало «хворостина» или «тонкая дощечка», что тоже подходит для прозвища по внешности. Однако ремесленная версия выглядит убедительнее: прозвища по занятию давали чаще, а суффикс -ун в них указывал на постоянное действие, а не на разовую черту.

Фамилия Щепчун не имеет дворянских корней и не фиксируется в родословных книгах. Скорее всего, она принадлежала крестьянам или ремесленникам из центральной России или Украины. В современной России она остаётся редкой, что делает её своеобразным маркером — носители такой фамилии, вероятно, происходят из одной небольшой местности, где прозвище закрепилось за родом.