Фамилия Щепеицких — редкий случай, где написание говорит о происхождении больше, чем корень. Форма на -их (а здесь ещё и с окончанием -их в начальной форме) указывает на северный или сибирский тип фамилий, характерный для говоров, где притяжательность передавали через «чей?» — «Щепеицких» буквально означает «из семьи Щепеицкого». Такие фамилии закрепились в документах в родительном падеже множественного числа: «он из Щепеицких».

Основа «Щепеицк-» почти наверняка ведёт к географическому названию — селу, деревне или урочищу с именем Щепеицы или Щепеицк. В русской ономастике суффикс -ицк- типичен для топонимических фамилий, образованных от названий поселений (ср. Троицк — Троицкий). Само топонимическое имя могло возникнуть от прозвища Щепей или Щепея, которое, в свою очередь, связано со словом «щепа» — щепка, лучина. Прозвище Щепа в старину давали либо худому, либо суетливому человеку, либо тому, кто работал с деревом — щепал лучину, колол дрова. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминается прозвище Щепа и фамилии Щепин, Щепочкин, но форма Щепеицких — более поздняя и локальная.

Вероятнее всего, фамилия сформировалась так: сначала существовало прозвище Щепей или Щепея, от него образовалось название деревни Щепеицы (или Щепеицк), а жителей этой деревни называли «Щепеицкие». Со временем, при переходе в фамилию, закрепилась форма родительного падежа множественного числа — «Щепеицких». Это типично для северорусских регионов (Архангельская, Вологодская, Вятская губернии), где фамилии на -их и -ых встречаются особенно часто.

Поскольку фамилия крайне редкая, её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы — потомков крестьян или ремесленников из одного села. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано. В современном виде окончание -их часто воспринимается как неизменяемое, но в строгой литературной норме фамилию можно склонять: «у Щепеицкого», «к Щепеицким». Однако в быту носители обычно оставляют её в начальной форме, что тоже нормально для фамилий этого типа.