Фамилия Щербинцева образована от мужского варианта Щербинцев. Словообразовательная модель здесь не самая частая, но хорошо узнаваемая: суффикс -ев присоединён к основе Щербинец, которая в свою очередь восходит к прозвищу Щерба или Щербина. В русской ономастике прозвище Щерба давали человеку со щербиной — то есть с заметным дефектом на лице, чаще всего со шрамом или отсутствием зуба. Слово «щерба» в древнерусском языке означало «зазубрина, выбоина, изъян». Фамилии с корнем Щерб- одни из самых распространённых в России: Щербаков, Щербинин, Щербатых. Щербинцев стоит в этом ряду особняком из-за двойного суффикса: -ин- и -ец-.

Если разобрать цепочку: исходное прозвище Щерба → производное Щербина (человек с явной щербиной) → от него — Щербинец (возможно, житель деревни Щербино или сын Щербины) → и уже от этого имени по отчеству возникла фамилия Щербинцев. Такой путь типичен для фамилий на -инцев/-енцев, которые в XIX веке активно формировались в южнорусских и центральных губерниях. В документах переписей встречаются и варианты написания через «а» — Щербанцев, но это уже другая ветвь, связанная с украинским «щербань» (тот же смысл).

Географически фамилия Щербинцев тяготеет к Рязанской, Тамбовской и Воронежской областям. В этих краях было много деревень с названием Щербино, Щербинка, откуда крестьяне и получали фамилию по месту выхода. Сословно носители фамилии — почти исключительно крестьяне и однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано. Спорных версий этимологии практически нет: корень прозрачный, а суффиксальная цепочка типична для восточнославянских фамилий второй половины XIX века.