Фамилия Щерботкин — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, а, скорее всего, профессиональное имя, но с необычным суффиксом. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей сын?»), остаётся основа Щерботк-. Она явно восходит к слову «щербатый» — то есть имеющий щербину, зазубрину, ущербный. Однако напрямую от «щербаты» образовали бы Щербатин или Щербаткин. Здесь же — Щерботкин, что заставляет искать другую модель.

Вероятнее всего, фамилия образована от прозвища Щерботка. В русских говорах «щербота» или «щерботка» — это не просто щербина, а конкретный дефект: зазубрина на лезвии, выщербленный край инструмента. Прозвище могли дать ремесленнику, который часто портил заготовки, или, наоборот, мастеру, исправлявшему такие дефекты. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «щербота» означала мелкую рыбью чешую или шелуху — тогда прозвище могло относиться к рыбаку или торговцу рыбой.

Суффикс -к- в прозвище Щерботка — уменьшительный или уничижительный, что характерно для имён, данных «по недостатку». Такие прозвища нередко давали в крестьянской среде: Щерботка — человек с заметным дефектом внешности (например, с выщербленным зубом) или с «ущербным» характером. Сама фамилия Щерботкин — патронимическая: «сын Щерботки».

Фамилия крайне редкая. По архивным данным, она встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в бывших Владимирской, Костромской и Вятской губерниях. Это указывает на её исконно русское, а не украинское или белорусское происхождение. В отличие от более частых Щербаковых и Щербининых, Щерботкины сохранили архаичную словообразовательную форму, не стёртую позднейшими переосмыслениями.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Щербаткин, Щерботов) показывает, что все они восходят к одному корню, но Щерботкин — самый редкий вариант. В нём отчётливо видна диалектная черта: замена «а» на «о» в корне (щербатый — щерботка), что характерно для севернорусского аканья в безударном положении. Таким образом, предки носителей фамилии — жители северных или центральных губерний, вероятно, крестьяне или ремесленники, получившие прозвище по внешнему изъяну или профессиональной особенности.