Фамилия Щербаткина звучит как типичная «материнская» форма, но на деле она образована по той же модели, что и подавляющее большинство русских фамилий: от мужской фамилии Щербаткин через притяжательный суффикс -а. То есть Щербаткина — это «жена или дочь Щербаткина», а сама мужская фамилия Щербаткин стоит в центре внимания. Основа здесь — прозвище Щербатка, которое напрямую связано со словом «щербатый» — человек со щербиной, то есть с отсутствующим зубом или с дефектом на лице (шрам, ямочка). В русских говорах «щерба» означала также «зазубрина», «выбоина», так что прозвище могло относиться и к предмету, и к человеку.

Интересна словообразовательная цепочка: от «щерба» через суффикс -к- (уменьшительно-пренебрежительный) получилось Щербатка — «маленький щербатый» или «тот, у кого щербинка». Затем к этому прозвищу добавили патронимический суффикс -ин, характерный для фамилий, образованных от слов на -а/-я. В итоге Щербаткин — «сын Щербатки». Фамилия довольно редкая: суффикс -к- в основе встречается нечасто, что выделяет её среди более распространённых Щербаковых (от «щербак») или Щербининых. Если Щербаков — это просто «щербатый человек», то Щербатка — более конкретное, возможно, насмешливое прозвище.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где были сильны архангельские и вологодские говоры. Встречается она и в Поволжье, но реже. Исторических документов о Щербаткиных немного, но можно предположить, что предки носительницы фамилии были крестьянами или посадскими людьми — в дворянских родословных книгах такая фамилия не фиксируется. Прозвище давали по внешнему признаку, и оно закрепилось, минуя стадию отчества: сразу перешло в фамилию. Это говорит о том, что род мог сложиться в XVI–XVII веках, когда подобные именования уже становились наследственными.