Фамилия Щербатская принадлежит к числу так называемых «географических» фамилий, которые появились в дворянской и духовной среде. Её основа — не прозвище и не ремесло, а название населённого пункта. Скорее всего, предок носителя фамилии был владельцем или уроженцем местности с корнем «щерб-» или «щербат-». В России и на украинских землях существовали и существуют сёла и хутора с названиями Щербатовка, Щербатово, Щербаты. Формант -ский/-цкий в таких фамилиях указывает на принадлежность к месту: Щербатский — «тот, кто из Щербатова» или «связанный с Щербатовым».

Сама основа «щербат-» восходит к древнерусскому слову «щерба» — зазубрина, выбоина, ущерб. В переносном смысле «щербатым» называли человека с дефектом речи (шепелявого) или с недостатком во внешности, например, с отсутствующим зубом. Однако в фамилиях на -ский этот корень почти всегда привязан к топониму, а не к личной характеристике. Если бы прозвище стало фамилией напрямую, она звучала бы как Щербатов (через суффикс -ов) или Щербатых (через -их).

Интересная деталь: фамилия Щербатская — это женская форма, а мужская будет Щербатский. В русской традиции такие фамилии склоняются по правилам прилагательных. Встречается она реже, чем однокоренные Щербаков или Щербинин, и чаще фиксируется в среде потомственного дворянства и интеллигенции, особенно в западных губерниях Российской империи. Самый известный носитель фамилии — Фёдор Ипполитович Щербатской, крупнейший русский востоковед и буддолог, что подтверждает её связь с образованными слоями общества.