Фамилия Щербушенко — один из тех редких случаев, когда украинская фамилия образована не от имени или профессии, а от прозвища, связанного с внешностью или характером. Основа здесь — «щерба», то есть человек с заметным изъяном: шрамом, отсутствием зуба, рябиной на лице. В старину «щербатым» называли того, у кого не хватало зубов или имелся рубец, а слово «щерба» в некоторых говорах означало и ущербность, неполноту.

Фамилия построена по украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках был типичным для потомков казаков и мещан Левобережья. Суффикс этот указывал на сына или наследника: Щербушенко — буквально «сын Щербуша». А вот промежуточная форма «Щербуш» — это уменьшительно-ласкательное или даже ироничное производное от «щерба». То есть прозвище Щербуш мог получить человек с заметным дефектом, а его дети уже закрепили это в фамилии.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения — это говорит о её локальном характере. Скорее всего, она возникла в одном из сёл Полтавщины или Черниговщины, где фамилии на -енко были особенно массовыми. В отличие от более частых Щербакова или Щербинина, Щербушенко сохранила редкий суффиксальный вариант, который не перешёл в русскую модель на -ов.

С точки зрения социального статуса, предки носителя фамилии, вероятно, были казаками или крестьянами, а не дворянами — в России фамилии на -енко обычно оставались на низших сословных уровнях. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая, что делает её своеобразным маркером конкретного рода, а не массового явления.