Фамилия Щербинко — характерный пример восточнославянской фамилии, сформированной по украинской модели. Её основа — слово «щерба» или «щербина», что означало зазубрину, выщерблину, изъян на лезвии или на поверхности. В переносном смысле так могли прозвать человека со шрамом на лице, со щербатым зубом или с заметным дефектом речи — например, шепелявого. Прозвище Щерба или Щербина было широко распространено в старину, и от него образовалось множество фамилий: Щербаков, Щербинин, Щербатых, Щербин.

Суффикс -ко — уменьшительный и одновременно патронимический, типичный для украинских фамилий. Он указывает на происхождение от отца: Щербинко буквально означало «маленький Щерба» или «сын Щербины». Такая модель (основа + -енко/-ко) особенно характерна для Левобережной Украины, Полтавщины и Черниговщины, где в XVII–XVIII веках формировался основной массив фамилий казацкой старшины и крестьянства.

Интересно, что в русских говорах слово «щерба» имело и другое значение — уха, похлёбка, иногда кислая или мясная. В этом случае прозвище могло относиться к любителю такой еды или к повару. Однако первая версия — по внешнему признаку или дефекту — более вероятна, так как прозвища от физических особенностей давали чаще, чем от гастрономических пристрастий.

Написание фамилии с двумя «н» — Щербинко — встречается реже, чем вариант с одной «н» (Щербино), но оба фиксируются в документах. Двойное «н» могло возникнуть под влиянием русской канцелярской традиции или как случайное удвоение при записи. В любом случае, фамилия сохранила прозрачную внутреннюю форму: любой носитель, знакомый с диалектной лексикой, без труда увидит в ней отсылку к «щербине».