Фамилия Щергина — женская форма фамилии Щергин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — прозвище Щерга, которое, скорее всего, связано с прилагательным «щербатый». В старых русских говорах «щербой» называли выбоину, зазубрину, ущерб, а «щербатым» — человека с повреждёнными зубами (с выщерблиной) или с рябым лицом от оспы. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Щергин — «сын Щерги» или «человек из рода Щерги». Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены.

Географически фамилия Щергин (и Щергина) чаще всего встречается в Архангельской области, на Русском Севере. Это не случайно: в поморских говорах слово «щерга» могло иметь иное значение — так иногда называли мелкую рыбёшку или скол на льдине, но прозвищное происхождение от внешности человека остаётся основным. Встречаются также варианты Щербаков, Щербинин, Щербатых — все они от того же корня, но с разными суффиксами. Щергин отличается редким суффиксом -г-, который в русских прозвищах встречается нечасто (сравните: Вершигора, но это уже украинский вариант). Скорее всего, прозвище Щерга образовалось как усечение от «щербатый» или от глагола «щербить» — делать зазубрины. Первые носители фамилии могли быть людьми с приметной внешностью — например, со шрамом на лице или с неровными зубами, что в деревенской среде сразу давало прозвище, закреплявшееся за потомками. Сословно это крестьянская или посадская фамилия: дворянские роды с такой фамилией не известны.