Фамилия Щмагина — женская форма фамилии Щмагин. Сразу бросается в глаза редкое и необычное для русского уха буквосочетание «щм». В русской ономастике это почти уникальный случай: привычные модели с корнем на «щ» — это Щербаков, Щеглов, Щукин, но «щм» встречается настолько редко, что сразу наводит на мысль об искажении исходной формы.

Наиболее вероятная версия — фамилия Щмагин произошла от прозвища Щмага. Это слово, скорее всего, диалектное, и его значение нужно искать в северных и сибирских говорах. В некоторых областях «щмага» могло означать «хворостина», «прут», «щепка». Тогда прозвище давали человеку худому, высокому и тонкому, как прут. В других говорах «щмагать» означало «хлестать», «стегать», и прозвище могло закрепиться за человеком с резким, «хлестким» характером или за тем, кто часто наказывал детей или подчиненных.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Щмагин — сын Щмаги. Это классическая патронимическая модель, характерная для русских фамилий. Форма Щмагина — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чья?».

Есть и альтернативная, но менее убедительная гипотеза: фамилия могла возникнуть из-за ошибки писаря. Если исходная фамилия была, например, Шмагин (от «шмаг» — удар, пинок, или от польского szmaga — плеть), то при записи «ш» могла превратиться в «щ» из-за особенностей почерка или местного произношения. Однако в пользу самостоятельности корня «щм» говорит то, что фамилия Щмагин встречается в документах последовательно, а не как единичная описка.

Социально фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Она не встречается в родословных книгах дворянских родов. Географически её можно связать с регионами, где были распространены диалектные слова на «щм» — в первую очередь, с Архангельской, Вологодской областями и Уралом. В современной России фамилия Щмагина остается очень редкой, что делает её носителей обладателями уникального родового имени с прозрачной, хотя и неочевидной, этимологией.