Фамилия Щмагин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Первое, что бросается в глаза, — начальное «щ», которое в русских фамилиях встречается нечасто и часто указывает на искажение более привычного звучания. Скорее всего, перед нами не самостоятельный корень, а результат фонетических изменений.

Наиболее вероятная версия: Щмагин — это вариант фамилии Шмагин. В русских говорах, особенно в северных и центральных областях, звук «ш» перед мягкими согласными мог переходить в «щ» (явление, известное как «щоканье»). Таким образом, основа та же: прозвище Шмага. В диалектах «шмага» означало «плеть», «кнут», «хлыст» или «ремень». Человек мог получить такое прозвище за худобу и вытянутость («длинный, как плеть»), за резкий, «хлесткий» характер или по профессии — например, плетельщик кнутов. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Шмаги» или «из семьи Шмаги».

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с глаголом «шмагать» (хлестать, стегать). В этом случае Щмагин — потомок человека, которого прозвали за манеру быстро и резко двигаться или за привычку подгонять лошадей кнутом. Встречаются также написания через «о» — Щмогин, но это уже поздние канцелярские ошибки.

Географически фамилия Щмагин встречается точечно, в основном в Поволжье и некоторых областях Центральной России. Она никогда не была массовой: в дореволюционных справочниках и переписях её носители — чаще крестьяне или мещане. Знаменитых однофамильцев нет, что только подтверждает её локальный, «домашний» характер. По сути, Щмагин — это та же Шмагин, но записанная на слух в той местности, где «щ» произносили вместо «ш».