Фамилия Щтпунов — редкий случай, где написание почти полностью скрывает происхождение. Первое, что бросается в глаза, — необычное сочетание «щт», которое в русском языке почти не встречается в начале слов. Скорее всего, перед нами не исконная форма, а результат искажения при переписи, в советских паспортах или из-за диалектного произношения. Вероятнее всего, исходной была фамилия Щепунов или Щапунов.

Если исходить из версии «Щепунов», основа — прозвище Щепун. В русских говорах «щепун» — это тот, кто щепит, то есть колет или расщепляет что-то: лучину, дранку, дерево. Такое прозвище могли дать плотнику, бондарю или ремесленнику, работавшему с деревом. Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии: Щепун → сын Щепуна → Щепунов. Со временем, в условиях неграмотности или при быстром произношении, «е» могло редуцироваться, а сочетание «щ» и «п» — слиться в труднопроизносимое «щт».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «щапить» (щеголять, франтить). В этом случае Щапун — прозвище щёголя, нарядного человека. Однако для фамилии Щтпунов эта гипотеза слабее, потому что в таком случае мы ожидали бы форму Щапунов, а не с буквой «т».

Географически фамилия Щтпунов встречается крайне редко, в основном в центральных и северных областях России, где были сильны диалектные особенности произношения. Поскольку фамилия недворянская и не относится к числу распространённых, её носители, скорее всего, происходили из крестьянской или ремесленной среды. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано — это редкая, локальная фамилия, сохранившая в своём написании следы живой народной речи.