Фамилия Щепунов — один из ярких примеров того, как прозвище по ремеслу или занятию превратилось в родовое имя. Её основа — слово «щепа» или «щепка». В древнерусском языке «щепа» означала не только мелкий осколок дерева, но и указывала на человека, который занимался расщеплением древесины, то есть готовил лучину, дранку или колол дрова. Прозвище Щепун могли дать либо лесорубу, либо мастеру по изготовлению деревянной посуды — щепному товару, который делали из расщеплённых заготовок. В некоторых говорах «щепуном» называли также скупого, придирчивого человека — «цепляющегося к мелочам», но эта версия менее распространена среди ономастов.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность, буквально «сын Щепуна». Ударение в фамилии падает на второй слог: Щепуно́в. Интересно, что фамилия не имеет параллелей с украинским или белорусским вариантами (там чаще встречается Щепанюк или Щепаненко от имени Степан), что подтверждает её сугубо русское, северное или центральное происхождение — в регионах, где было развито лесное хозяйство и щепное ремесло.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель «прозвище + -ов» описывается как одна из самых продуктивных для обозначения профессии. Щепунов стоит в одном ряду с фамилиями Щепкин, Щепочкин, Щепин, но отличается от них суффиксом: -ун здесь — активный деятель (ср. говорун, бегун), то есть Щепун — не просто «связанный со щепой», а «тот, кто постоянно щепит, колет». Это придаёт фамилии динамичный оттенок: предок не просто имел отношение к дереву, а занимался этим как основным ремеслом.

Географически фамилия встречается неравномерно. Данные переписей XIX века фиксируют Щепуновых преимущественно в Вятской, Костромской и Нижегородской губерниях — областях, где было распространено щепное производство (лучина, короба, деревянные ложки). В южных губерниях фамилия редка. Сословно носители чаще всего были государственными крестьянами, реже — мещанами; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В написании фамилии возможна вариация через «ё» — Щёпунов, но в документах и справочниках преобладает вариант с «е», что связано с орфографической нормой XIX века, когда «ё» часто заменяли на «е». В современном бытовании фамилия нередко теряет ударение в разговорной речи — некоторые произносят Ще́пунов, но исторически верным считается ударение на последний слог, как того требует суффикс -ов в отпрозвищных фамилиях.