Фамилия Щупушкина образована от прозвища Щупушка — так в старину могли назвать человека с характерной манерой поведения или внешностью. Корень «щуп-» родствен глаголу «щупать»: щупать — ощупывать, проверять на ощупь. Прозвище Щупушка мог получить либо тот, кто постоянно что-то трогал, щупал (например, ткач, проверяющий качество нити, или лекарь, осматривающий больного), либо человек суетливый, до всего любопытный. В русских говорах слово «щуплый» означало «худой, тщедушный», но в основе фамилии лежит именно глагольная форма, а не прилагательное: суффикс -ушк- типичен для ласкательных или уменьшительных прозвищ (ср. Ванюшка, Марушка, Щупушка — «тот, кто щупает»).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Щупушкина — дочь или жена Щупушки. Такая модель характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин часто образовывались от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов (Щупушков), форма Щупушкина встречается реже и имеет более выраженный «матронимический» оттенок — то есть могла закрепиться за женщиной, если прозвище носила вдова или мать семейства. Впрочем, в быту фамилия давно склоняется по мужскому роду (Щупушкин), а женская форма осталась в документах как историческая.

По данным переписей XIX века, носители фамилии Щупушкин встречались преимущественно в Вятской и Пермской губерниях — на территории бывшего Вятского края, где было сильно влияние местных говоров. Возможно, прозвище Щупушка давали людям, занятым в ремеслах, связанных с проверкой качества: например, браковщикам холста или кожевникам, которые щупали выделанную кожу. Спорных версий у этой фамилии нет: корень прозрачный, а суффикс типичен для русской ономастики. Единственное, что стоит уточнить — ударение. В большинстве говоров фамилия произносится с ударением на второй слог: Щу́пушкина, хотя в некоторых регионах могли ставить ударение на «у»: Щупýшкина. Словари фамилий (например, работы Б. Унбегауна) не фиксируют Щупушкина как отдельный случай, но по словообразовательной модели она вписывается в ряд прозвищных фамилий на -ушка.