Фамилия Шебеченков — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, почти не изменилось за века, а суффикс «-енков» выдаёт южнорусское или украинское происхождение. В отличие от более привычных «-ов» и «-ев», формант «-енков» (уменьшительная форма от «-енко») характерен для фамилий, сложившихся на территории современной Украины и южных областей России, откуда носители могли переселиться севернее.

Корень «Шебеч-» восходит к диалектному глаголу «шебечить» — говорить быстро, тараторить, болтать без умолку. В южнорусских и украинских говорах это слово живо до сих пор. Прозвище Шебека или Шебечко давали человеку говорливому, суетливому в речи, возможно, балагуру или сплетнику. В некоторых регионах «шебечуном» называли и того, кто говорит сбивчиво, невнятно, скороговоркой — то есть прозвище могло быть не только шутливым, но и слегка неодобрительным.

Словообразовательная цепочка проста: прозвище Шебека → патроним Шебеченко («сын Шебеки») → фамилия Шебеченков (русифицированная форма с русским суффиксом «-ов»). В украинской среде фамилия осталась бы как Шебеченко, а на русском Севере или в центральных областях скорее появились бы Шебечков или Шебечкин. Сохранение «-енков» указывает на то, что предки жили на границе ареалов, где украинская модель образования фамилий смешивалась с русской.

Встречается фамилия преимущественно в Курской, Белгородской, Воронежской областях — то есть в зоне исторического расселения южных великороссов, где украинское влияние было сильным. В дореволюционных переписях Шебеченковы числились в основном крестьянами и однодворцами. Однодворцы — особое сословие, потомки служилых людей, охранявших южные рубежи Московского государства. Так что не исключено, что предок-Шебека был не просто болтуном, а сторожем или стрельцом, получившим прозвище за бойкий язык в казарме.

Известных носителей фамилии, вошедших в энциклопедии, нет — это рядовая крестьянская фамилия, не попавшая в дворянские родословные книги. Но именно в этом её ценность: она сохранила живую народную речь и местный способ называть человека по характеру, не приукрашивая его.