Фамилия Шебенков образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на твёрдый согласный с помощью суффикса -ов. Это указывает на то, что в основе лежит мужское прозвище или нецерковное имя Шебенок, а Шебенков — буквально «сын Шебенка» или «потомок Шебенка».

Корень здесь — «шеб-», который в русских говорах имеет несколько значений. Самое вероятное: в диалектах «шебеня» или «шебень» — это хлам, мелочь, сор, а также бранное слово для обозначения непутевого или вздорного человека. Прозвище Шебенок могли дать человеку суетливому, шумливому или, наоборот, неряшливому. Менее распространённая, но возможная версия — связь с глаголом «шебанить» (суетиться, хлопотать) или с устаревшим «шебала» (пустомеля, болтун). В любом случае, прозвище носило ярко выраженный бытовой характер и давалось по поведению или внешним чертам.

Интересно, что фамилия Шебенков не имеет однозначной географической привязки к какому-то одному региону. Она встречается и в центральных областях России, и на Урале, что говорит о довольно широком бытовании прозвища Шебенок в разных диалектных зонах. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта фамилия — чисто прозвищная, и её носители вряд ли принадлежали к духовенству или знати: скорее всего, это были крестьяне или посадские люди, получившие уличное прозвище, которое затем закрепилось за их потомством.

Однокоренные фамилии — Шебенев, Шебанов, Шебалин — построены от тех же корней, но с разными суффиксами, что характерно для русской ономастики. Форма Шебенков — одна из самых конкретных, так как суффикс -ок в основе прямо указывает на уменьшительно-оценочное прозвище, а не на отчество от полного имени. Таким образом, фамилия Шебенков — это типичный пример того, как бытовая характеристика человека, данная в шутку или в насмешку, превратилась в родовое имя.